Frederiksborg Slotskirke ligger i vestfløjen af Frederiksborg Slot i Hillerød, og blev opført i starten af 1600-tallet. Det vides ikke med sikkerhed om det var året 1606 eller 1607. Efter enevælden blev indført i 1660, blev Frederiksborg SLotskirke en salvingskirke for den danske konge. Christian d. 4. blev født på Slottet i 1577 og blev døbt i Slotskirken. Døbefonten er bevaret og kan ses den dag i dag. Slotskirken var i øvrigt ordenskapel for de danske ridderordener (Elefantordenen og Dannebrogordenen).
En stor del af det gamle slot blev nedrevet af Christian d. 4. for at genopføre en hollandsk stil, og kirken blev derfor opført til kongehuset som en del af dette, men en storm i 1631 ødelagde en del af kirken, og derfor fik byens borgere også lov at bruge den ind til man genopbyggede den. Det blev aldrig til en genopbygning, da Christian d. 4.’s efterfølgere fravalgte Frederiksborg som residens.
I 1859 blev store dele af slottet ødelagt på grund af en brand, men kirken stod fri, og slottet blev genopført med økonomisk støtte fra J.C. Jacobsen.
Under ombygningen af slottet og kirken, var menigheden nødt til at bruge Hillerød kirke, der var en faldefærdig træbygning midt i Hillerød by. Kirken var så dårligt i stand, at den blæste omkuld flere gange. Bygningen var til sidst i så dårlig stand, at man måtte benytte en stald i nærheden i stedet for. Flere digtere har skrevet om det, herunder blandt andet den kendte digter Anders Arrebo, der var slotspræst for Frederiksborg i 1613 til 1616. Herunder et citat fra digtet “Beskrivelse af det vidt berømte Frederiksborg”, hvori han beskriver kirkeforholdene i den periode:
“Som Slottet lod i Værk, han (Kongen) lod en Kirke sætte
I Hillerød, at Folk ej skulde Gud forgjætte;
men den om tre Aars Tid omblæste meget brat,
da Stormen Skade stor forvoldt’ St. Karens Nat.
Da lod Kong Christian paany en Grundvold lægge;
men endnu intet blev fuldkommen ud af begge:
Den første blæstes om, den anden blev ej bygt,
saa bliver meget godt ved onde Hænder stygt.
Vel er der ofte gjort Undsætning til en Kirke,
og Penge samled ind, det kan dog intet virke;
thi saa her mindes kan, som det vel Kirken men’,
derfor er Bygningen saa langsom, tung og sen.
Nu Kirken borte var og Slottet ikke færdig,
da fandtes intet Hus til Herrens Dyrkning værdig;
man maatte i en Stald behjælpe sig i Nød,
til Slottet færdigt blev, og Kongen andet bød.”